武汉铁路运输法院成立于1981年5月，原院址在武汉市江岸区二七路，审判工作受武汉铁路运输中级法院监督指导。1983年3月武汉铁路运输中级法院撤销后，院址迁至武昌区八一路武汉铁路分局机关大楼右侧，审判工作受郑州铁路运输中级法院监督指导。2003年11月院址迁至武昌区杨园街建新路。2006年6月28日成立武汉铁路运输中级法院，审判工作回归武汉铁路运输中级法院监督指导。2012年7月，武汉铁路运输法院已正式移交至湖北省高级人民法院直属管理。

武汉铁路运输法院主要审理发生在武汉铁路局管辖铁路站车内或针对铁路线路、机车车辆等铁路设备、设施以及铁路运输企业职工在执行职务中发生的各类刑事案件；涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产的民事诉讼案件及执行案件。2014年7月1日最高人民法院《关于批准指定武汉铁路运输中级法院和武汉、襄阳铁路运输法院受理案件范围的复函》下发后，我院在原有的受案范围不变的情况下，开始承担起武汉市内的运输合同纠纷一审案件的审理工作。并依法审理由湖北省高级人民法院指定管辖的跨区划行政案件。

至2023年11月，现有在职在编干警54人，其中男性26人，女性28人，平均年龄40岁，本科及以上学历52人，全院占比96%，其中硕士研究生18人，全院占比33%。现有员额法官18人，其中二级高级法官1人，三级高级法官1人，四级高级法官3人，一级法官9人，二级法官4人。